جامعه شيعي گاهي به انحرافاتي مبتلا مي‌شد که ضرورت داشت امام قاطعانه وارد عمل شود و با پيام‌هاي ويژه براي برخي افراد از گسترش آن جلوگيري فرمايد.
از باب نمونه، امام در برابر افراد منحرف همانند علي بن حسکه قمي که مکتب غلات را ترويج مي‌کرد، به احمد بن محمد عيسي در پاسخ نامه‌اش مي‌نويسد: اينها از دين نيست؛ از او فاصله بگير.
همچنين در پاسخ برخي فرموده: اينها را ترک کنيد. خداوند لعنتشان کند و اگر يکي از اينها را در جاي خلوتي پيدا کرديد، سر او را با سنگ بشکنيد.
درباره محمد بن نصير نميري که از غلات و داراي فساد عقيدتي و اخلاقي بود، دستور لعن و طرد او را از جامعه شيعي صادر فرمود.
همچنين دستور قتل فارس بن حاتم قزويني را صادر فرمود.
امام هادي درباره يکي از مباحث مربوط به قرآن که مسئله سياسي روز و تبديل به دستاويزي براي زنداني يا کشتن افراد شده بود، طي نامه به محمد بن عيسي بن عبيد يقطيني، از او خواست تا پيروان و شيعيان از اين فتنه فاصله بگيرند.
امام درباره گروه صوفيه نيز موضع منفي داشت.
از اين رو، در مسجد پيامبر ضمن سخنان ارزشمندي به محمد بن الحسين بن ابي الخطاب فرمود: هرگز به اين گروه فريب‌کار اعتنا نکنيد؛ چرا که اينان جانشينان شيطان و خراب کننده پايه‌هاي دين هستند.